התנגדות בטיפול היא תופעה בה המטופל מתנהג במהלך פסיכותרפיה באופן שמטרתו להימנע משינוי במצבו, או שהוא מסרב לשוחח עם המטפל על חוויות רלוונטיות לטיפול.

זיגמונד פרויד היה הראשון שדיבר על התנגדויות בטיפול פסיכואנליטי, בו מוגדרת ההתנגדות במונחים של הימנעות מהעלאת תכנים לא מודעים אל המודעות של האדם, מה שמקשה על התקדמות הטיפול. ההתנגדות בטיפול כזה עשויה להתבטא בשימוש עקשני במנגנוני הגנה מודעים ולא מודעים? במטרה להימנע מחשיפת דחפים, רגשות, דפוסי התנהגות וזכרונות של המטופל שמאיימים עליו. במהלך הטיפול עשויה ההתנגדות להתבטא במגוון התנהגויות, כגון חוסר שיתוף פעולה עם המטפל, אי מילוי הנחיותיו, שתיקות, איחורים, הבעת תחושת שיעמום, תוקפנות, וכחנות ועוד.

דרך אפשרית להתמודדות של הפסיכולוג עם התנגדויות המטופל, היא הכלה, אמפתיה והבנה כנה של ההתנגדות, החשש מהטיפול, והמניעים לכך (בין השאר יכול המטפל להבין זאת תוך שימוש בתחושות שמתעוררות אצלו בעקבות ההעברה וההעברה הנגדית שמתרחשות בחדר הטיפולים). בהמשך ניתן לעבוד על תחושות אלו בטיפול. שיטה נוספת, ששימשה בעיקר פסיכואנליטיקאים בעבר, היא אסוציאציות חופשיות, בה המטופל מונחה להעלות כל מחשבה שעולה במוחו, כמעט ללא התערבות המטפל, כדי שיוכל לדבר בחופשיות ללא צנזורה עצמית, וכך יחשוף קונפליקטים לא מודעים תוך עקיפת ההגנות וההתנגדות.

גישות שאינן פסיכואנליטיות, כגון פסיכולוגיית האגו, טוענות כי התנגדות והגנות של המטופל הן חלק מהותי בחווייה שלו, שלעיתים דווקא עוזר לו לתפקוד היומיומי. לכן הסרה של כל ההתנגדויות במהלך הטיפול עשויה להשאיר אותו חשוף ופגיע, ללא הגנות, ולאיים על האופן שבו הוא מכיר את עצמו, ללא דרכי התמודדות עם הדחפים והקונפליקטים הלא - מודעים שנחשפו. תומכי גישה זו מציעים, במקום זאת, לעבוד במהלך הטיפול על הבנה מעמיקה יותר של האופן בו ההתנגדויות וההגנות עוזרות למטופל בתפקודו, לעומת מצבים בהם הן מפריעות ומגבילות אותו, וכך לעבוד בדיאלוג משותף על הסרת המגבלות רק במקומות שבהם הן באמת מפריעות.